Het samenwerkingsverband GRAPPA verenigt sterrenkunde, theoretische natuurkunde, deeltjesnatuurkunde en kosmologie. Wetenschappers in GRAPPA bestuderen de eigenschappen van donkere materie en het ontstaan van kosmische straling en gammastraling. Het Anton Pannekoek Instituut levert de onderliggende sterrenkundige waarnemingen. De onderzoekers verenigd in GRAPPA komen van de UvA, van Nikhef, van SRON, van CWI en van SurfSARA.
Samen met ruimteonderzoekinstituut SRON en met de aard- en levenswetenschappers van de Vrije Universiteit hebben we het project Are We Alone? opgericht. We bestuderen de aarde en aardachtige planeten en zonnestelsels waar mogelijk aardachtige planeten voorkomen. Daardoor hopen we ook onze eigen plaats in het heelal beter te begrijpen. Op basis van onze waarnemingen maken we onder andere modellen van planeetatmosferen. Het onderzoek sluit aan bij vragen uit de Nationale Wetenschapsagenda en bij de internationale strategische roadmap ASTRONET.
De wetenschappers van het Anton Pannekoek Instituut voor Sterrenkunde zijn nauw betrokken bij de ontwikkeling van nieuwe instrumenten en telescopen. De sterrenkundigen werken hierbij samen met de bouwers en ontwikkelaars van de Optisch/Infraroodgroep van NOVA, van ASTRON en van SRON. In de afgelopen jaren waren of zijn we onder andere betrokken bij de ontwikkeling van: UVES en X-Shooter, EHT, CTA, AARTFAAC/DRAGNET, SPHERE/ZIMPOL, Rapid Response Mode en LOFAR.