Het Anton Pannekoek Observatorium bestaat uit de twee koepels bovenop het FNWI-gebouw en uit het waarneemterras op het dak van vleugel C. Dankzij het observatorium kunnen sterrenkundestudenten in hun eerste studiejaar al serieuze metingen doen aan astronomische objecten.
Studenten doen hun eerste waarnemingen op het waarneemterras met een van de 10cm apochromatische refractors op Losmandy-GM-monteringen. Ze bekijken eerst een aantal objecten die op dat moment zichtbaar zijn. Daarna maken ze foto's met een speciale camera. Vervolgens gebruiken ze deze foto's bijvoorbeeld om uit te rekenen hoe diep een krater op de maan is of hoe ver Mars van ons vandaan staat.
De studenten kunnen later in hun eerste jaar kiezen voor een vak waarvoor ze waarnemingen mogen doen met de grote telescopen. Hiervoor staat in de sterrenkoepel een 51cm Richey-Chretien-telescoop. In de zonnekoepel staan een 35cm Meade-Schmidt-Cassegrain, een 10cm Polarex-refractor en een 16cm Secia-refractor.
Met deze telescopen maken de studenten niet alleen mooie afbeeldingen, maar bijvoorbeeld ook spectra en helderheidsvergelijkingen. Derdejaars bachelorstudenten beantwoorden met behulp van de waarnemingen redelijk complexe onderzoeksvragen.